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bioinformatics

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생명정보개론(bioinformatics) Q. DNA 이중가닥 중 어떤 가닥을 사용하며 각각의 단백질 결과물이 다를텐데 우리 몸은 어떤 가닥을 사용하는지?A. DNA에서 실제로 전사되는 가닥을 템플릿(Template Strand)라고 하며 이 가닥은 mRNA 합성하는 정보가 담겨 있다. 비템플릿 가닥(Non-Template Strand)는 Coding Strand 라고도 한다. 어떤 가닥이 사용되는 지는 고정되어 있다. 템플릿과 비템플릿 가닥은 유전자에 따라 다르다. 정확한 가닥 사용을 보장하기 위해 프로모터 영역과 전사인자 매커니즘을 이용하여 템플릿 가닥을 가려낸다. ORF(Open Reading Frame)Sequencing을 통하여 mRNA의 염기 서열을 추정한 후, 그 중에서 어디에서부터 어디까지가 단백질로 번역되는지 알아야 한다. 번역..
생명정보개론(bioinformatics) - Genebank,SNP 유전자 검색 이 포스트는 K-MOOC 의 생명정보개론 강의를 들으며 정리한 것으로 공부하면서 생겼던 의문점을 함께 정리하였습니다.   Location : X 염색체 q25번 위치에 존재Exon count : 이 유전자가 전사되고 스플라이싱 과정을 거친 후, 10개의 엑손이 포함된 mRNA가 생성됨.Annotation release 와 Assembly의 관계각 Annotation release는 특정 Assembly 버전을 기준으로 유전자의 위치를 설명한다. 예를 들어 Rs_2023_10이라는 주석은 GRCh38.p14 및 T2T-CHM13v2.0을 기준으로 하고 있으며, 이전 주석 데이터(105.20220307)는 GRCh37.p13을 기준으로 한다.     Exon 과 Coding Sequence(CDS) 의 개념..
생명정보개론(bioinformatics) - SNP, dbSNP 이 포스트는 K-MOOC 의 생명정보개론 강의를 들으며 정리한 것으로 공부하면서 생겼던 의문점을 함께 정리하였습니다. 변이 데이터베이스-2001년에 진행돼었던 human genome project 때 밝힌 인간의 DNA를 기준(reference)으로 삼는다. SNP(Single nucleotide polymorphism) DNA 염기서열에서 하나의 염기서열(A,T,G,C)의 차이를 보이는 유전적 변화 또는 변이를 단일 핵산염기 다형현상(SNP)라 한다. 여러사람들에게 공통적으로 나타난다면 (polymorphism) 이라 한다. Q.어느 개인에게 SNP가 발견되었을 때, 그것이 질병을 일으키는 변이인지, 아니면 단순한 개인의 특징을 결정하는 변이인지 구분을 어떻게 하는가?A. 데이터 베이스 참조 (Clin..
생명정보개론(Bioinformatics)- NGS개념, 분석원리 이 포스트는 K-MOOC 의 생명정보개론 강의를 들으며 정리한 것으로 공부하면서 생겼던 의문점을 함께 정리하였습니다.  생명정보학의 이용-난치병의 치료하는데 생명정보학(차세대 염기서열 분석법)의 도움을 받을 수 있다.-Nic Volker 어린이의 난치병을 진단하기 위해 생명정보기술이 사용되었다.-수천개의 염기서열 중 단 하나의 염기치환을 발견하여 병명을 특정하고 올바른 치료를 받을 수 있었다. 문헌 데이터베이스-Pubmed 와 Google Scholar 를 사용한다.-Google Scholar 본문내용까지 검색가능, 인용횟수와 인용논문을 확인할 수 있다. 차세대 염기서열 시퀀싱(Next Generation Sequencing)-인간의 DNA는 30억개의 염기쌍으로 되어있다. 그 중 의미를 단백질을 코딩하..