생명정보개론(bioinformatics)

Q. DNA 이중가닥 중 어떤 가닥을 사용하며 각각의 단백질 결과물이 다를텐데 우리 몸은 어떤 가닥을 사용하는지?

A. DNA에서 실제로 전사되는 가닥을 템플릿(Template Strand)라고 하며 이 가닥은 mRNA 합성하는 정보가 담겨 있다. 비템플릿 가닥(Non-Template Strand)는 Coding Strand 라고도 한다. 어떤 가닥이 사용되는 지는 고정되어 있다. 템플릿과 비템플릿 가닥은 유전자에 따라 다르다. 정확한 가닥 사용을 보장하기 위해 프로모터 영역과 전사인자 매커니즘을 이용하여 템플릿 가닥을 가려낸다.

 

ORF(Open Reading Frame)

Sequencing을 통하여 mRNA의 염기 서열을 추정한 후, 그 중에서 어디에서부터 어디까지가 단백질로 번역되는지 알아야 한다. 번역 방향을 모르면, 6가지 경우의 수를 방향을 알아도 3가지 경우의 수를 시도해야 한다. 이 중 제대로 된 단백질을 만들 수 있는 경우를 Open Reading Frame(ORF)라고 한다.

 

ORF finder

염기서열을 입력하면 ORF 가능성이 있는 부위를 찾아준다. 일반적으로 길이가 긴 ORF가 단백질을 코딩하고 있을 확률이 높다.