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Scanpy tutorials - preprocessing and clustering ( Doublet detection,Nomalization ) tutorial 코드 설명

Doublet detectionsc.pp.scrublet(adata, batch_key="sample") Single cell rna sequencing은 세포 하나하나의 RNA 전사체를 분석한다. 세포 하나하나를 떼어내는 것은 기술적으로 굉장히 어렵기 때문에 세포 2개가 1개로 인식되는 경우가 있다. Scanpy는 doublet(세포2개) cell을 구별해내는 매서드 sc.pp.scrublet() 를 제공한다. (reference : graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells)  scanpy 개발자들이 제공하는 툴들은 다 reference ..
bioinformatics 2024. 11. 12. 22:12
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