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생물학 논문의 기본은 실험군과 대조군을 비교하는 것이다. 예를들면 카페인을 많이 마시면 머리가 나빠진다고 주장하고싶으면 커피를 매일 마신 그룹과 물을 매일 마신 그룹을 비교하면 된다. scRNAseq도 마찬가지이다. scRNAseq은 대조군 만으로도 도출해낼 수 있는 정보가 많지만, 실험군과 비교하였을때 얻어낼 수 있는 정보의 양과 질을 극대화할 수 있다. Integration 이란, 비교하고 싶은 두 그룹을 하나의 벡터공간상에 투여하는 것을 말한다. 두 그룹은 같은 벡터공간에 존재하게되어 cell cluster를 직접 비교할 수 있고 그룹별 batch effect 보정을 하는 알고리즘,통계 기법의 발전으로 신뢰도를 더해가고 있다.import scanpy as scimport pandas as pdsc..

대학원생활 1달차 느낀점을 정리해보고자 한다. 피곤하고 일요일저녁이라 쓰기 굉장히 귀찮아서 대충 생각나는대로 휘갈길 예정이니 감안해주세요. 1. 양질의 세미나서울대학교에와서 좋은 점 중 하나는 질 좋은 세미나를 매주 들을 수 있다는 것이다. 아직 학생등록이 안되어서 받지 못한 세미나 메일이 많아서 다 듣지 못하는게 아쉽다. 바이오뿐만 아니라 인문학,음악 등 다양한 분야의 세미나가 열리고 무료로 들을 수 있다. 이번주에는 2024 노벨화학상 알파폴드 연구실에서 연구하셨던 교수님이 오셔서 강의 해주시고 갔다. 저번 주에는 cancer genomics 강의를 들었는데 너무 재밌게 감동적으로 들었다. 이런 강의의 특징은 오랜 경험을 지닌 해본사람만 아는 노하우를 전달 받을 수 있다는 것이다. 검색해도 나오지않는..

SKN AI 캠프에서 만난 친구들과 Dacon 대회에 참가하였다. 우연히도 바이오데이터를 활용한 인공지능 대회가 있었고 배경지식을 이용해서 AI 적용해볼 기회를 가질 수 있었다. 나는 주로 데이터 전처리를 담당했고 팀원들이 다양한 머신러닝 기법을 적용해보면서 성능을 끌어올리는데 집중했다. 간단하게 데이터와 어떤 방식으로 접근하고 발전시켰는지 정리해 보겠다. 먼저 주어진 데이터이다. 데이터를 보면 아미노산 변이정보가 HGVS (Human Genome Variation Society) 표기법으로 나와있다. 정상인은 WT(wild type) 변이가 생긴것은 어떤 아미노산이 어디 위치에서 어떤 아미노산을 바꼈는지 나타낸다. 예를들어 R895R은 아미노산 R이 895위치에서 아미노산R로 변이된 것. 즉 침묵돌연..

메타데이터를 만들었으면 이제 cell QC를 진행한다. 이 단계는 여러가지 지표를 이용해 정상범위 밖에 있는 세포(이상치)를 판단하고 제거하여 데이터 품질을 올리는 단계이다. 세포의 품질을 판단하기 위해 Scater: pre-processing, quality control, normalization and visualization of single-cell RNA-seq data in R (reference) 를 참고한다. 레퍼런스에서는 mito, ribo, hb 유전자를 참고하여 cell quaility를 판단한다. 다양한 cell QC 방법이 reference가 있을테니 여러가지로 테스트 해보도록 하자.. 미토콘드리아 유전자 (mt) : 세포가 손상되면 mt 유전자 발현이 비정상적으로 증가할 수 있..