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목록Tutorial (2)
biotechknowledge
Scanpy tutorials - preprocessing and clustering ( Re-assess quality control and cell filtering ,Differentially-expressed Genes as Markers) tutorial 코드 설명
Re-assess quality control and cell filteringsc.pl.umap( adata, color=["leiden", "predicted_doublet", "doublet_score"], # increase horizontal space between panels wspace=0.5, size=3,) sc.pl.umap() : UMAP 을 통해 차원 축소된 데이터를 시각화 한다.color=["leiden", "predicted_doublet", "doublet_score"] : 각각의 UMAP 플롯에서 색상을 지정하는 기준이다. 첫번째 그래프는 클러스터별로 색깔을 입힌 것이다. doublet score 를 보며 threshold 를 조절해볼 수 있고 ..
Scanpy tutorials - preprocessing and clustering (anndata, pooch 개념설명)
# Core scverse librariesimport scanpy as scimport anndata as ad# Data retrievalimport pooch AnnData single cell rna 데이터를 체계적으로 저장하기 위한 구조로, 유전자 발현 행렬을 X라는 속성에 저장하고, 유전자 ID와 세포 바코드 정보를 var(변수)와 obs(관측값)에 각각 저장한다. obs (Observations):obs는 세포에 대한 메타데이터를 (실험 조건, 세포의 특성, 클러스터링 결과 등) 저장하는 곳입니다. 데이터프레임 형태를 가지며, 각 행이 하나의 세포를 나타냅니다.예를 들어, 각 세포에 대해 클러스터 레이블, 샘플 조건, 배치 정보 등 다양한 정보를 이곳에 저장할 수 있습니다.var (Varia..