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Scanpy tutorials - preprocessing and clustering ( Dimensionality Reduction,visualization, clustering ) tutorial 코드 설명

https://jstar0525.tistory.com/14 [VScode] VScode로 SSH를 통해 원격서버 접속하기VScode로 SSH를 통해 원격서버 접속하기 이번에는 visual studio code로 SSH를 통해 원격서버에 접속하여 remote 방법을 알아보겠습니다. 0. VScode 설치 https://code.visualstudio.com/download Download Visual Studio Code - Majstar0525.tistory.com위에 글을 참고해서 wsl, ubuntu 로 ssh 접속이 아닌, window vscode 에서 linux workstation 에 접속할 수 있게 되었다. 사실 첫날부터 시도했던 작업인데 리눅스, ssh 에대한 개념과 방식을 몰라서 헤매다가 ..
카테고리 없음 2024. 11. 13. 11:30
Scanpy tutorials - preprocessing and clustering ( Doublet detection,Nomalization ) tutorial 코드 설명

Doublet detectionsc.pp.scrublet(adata, batch_key="sample") Single cell rna sequencing은 세포 하나하나의 RNA 전사체를 분석한다. 세포 하나하나를 떼어내는 것은 기술적으로 굉장히 어렵기 때문에 세포 2개가 1개로 인식되는 경우가 있다. Scanpy는 doublet(세포2개) cell을 구별해내는 매서드 sc.pp.scrublet() 를 제공한다. (reference : graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells)  scanpy 개발자들이 제공하는 툴들은 다 reference ..
bioinformatics 2024. 11. 12. 22:12
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