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메타데이터를 만들었으면 이제 cell QC를 진행한다. 이 단계는 여러가지 지표를 이용해 정상범위 밖에 있는 세포(이상치)를 판단하고 제거하여 데이터 품질을 올리는 단계이다. 세포의 품질을 판단하기 위해 Scater: pre-processing, quality control, normalization and visualization of single-cell RNA-seq data in R (reference) 를 참고한다. 레퍼런스에서는 mito, ribo, hb 유전자를 참고하여 cell quaility를 판단한다. 다양한 cell QC 방법이 reference가 있을테니 여러가지로 테스트 해보도록 하자.. 미토콘드리아 유전자 (mt) : 세포가 손상되면 mt 유전자 발현이 비정상적으로 증가할 수 있..

Jupyter Lab 작동 원리 Jupyter Lab은 클라이언트-서버 구조로 작동하며, Jupyter Lab 서버가 백그라운드에서 실행되어 웹 브라우저를 통해 접근할 수 있는 웹 애플리케이션 환경을 제공합니다. 여기서 서버 역할을 하는 Jupyter Lab Server가 핵심인데요, 간단히 작동 원리를 설명하자면 다음과 같습니다:1. Jupyter Lab 서버 실행'jupyter lab' 명령어를 입력하면, 로컬에서 서버가 시작됩니다. 이 서버는 기본적으로 특정 포트 (예: `8888`)를 열고 사용자의 요청을 처리할 준비를 합니다. 이 서버는 사용자의 코드를 실행하고 결과를 반환하는 역할을 하며, 웹 애플리케이션 형태로 인터페이스를 제공하는 역할도 수행합니다. 2. 웹 브라우저에서 접속Jupyter ..

WSL, Windows Shell 로 워크스테이션 접속의 차이점을 GPT한테 물어봤을 때WSL: WSL(Windows Subsystem for Linux)은 윈도우 내에서 리눅스 커널과 유사한 환경을 제공합니다. 리눅스 명령어 및 파일 시스템을 윈도우 상에서 사용할 수 있어서 리눅스 개발 환경을 더 쉽게 구성할 수 있지만, 실제 리눅스 커널이 아닌 가상화된 환경이므로 일부 하드웨어 접근이나 저수준 작업에서 제약이 있을 수 있습니다.Windows Shell (PuTTY, SSH): Windows의 명령 프롬프트나 PowerShell, 혹은 PuTTY 같은 SSH 클라이언트를 이용하여 리눅스 워크스테이션에 접속할 경우, 실제 원격 리눅스 서버에 직접 연결됩니다. 이 방식은 네트워크를 통해 리눅스 환경에 접근..

노션 데스크톱을 쓰는데 커서가 표시한 영역으로 들어가면 하얀색으로 변해서 마우스 위치를 확인할 수 없었다. 앱이 문제인가 싶어서 삭제하고 다시 깔아 보았으나 그대로였고, Web으로 열었을때는 정상적으로 작동했다. 이것저것 찾아보다가 한가지 해결책을 찾았는데 제어판 > 마우스 포인터 마우스 포인터 스타일을 바꿔주면 해결된다. 근본적인 해결책은 아니지만 일단 이렇게 쓰면서 노션앱 업데이트를 기다려보자.