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https://jstar0525.tistory.com/14 [VScode] VScode로 SSH를 통해 원격서버 접속하기VScode로 SSH를 통해 원격서버 접속하기 이번에는 visual studio code로 SSH를 통해 원격서버에 접속하여 remote 방법을 알아보겠습니다. 0. VScode 설치 https://code.visualstudio.com/download Download Visual Studio Code - Majstar0525.tistory.com위에 글을 참고해서 wsl, ubuntu 로 ssh 접속이 아닌, window vscode 에서 linux workstation 에 접속할 수 있게 되었다. 사실 첫날부터 시도했던 작업인데 리눅스, ssh 에대한 개념과 방식을 몰라서 헤매다가 ..

Doublet detectionsc.pp.scrublet(adata, batch_key="sample") Single cell rna sequencing은 세포 하나하나의 RNA 전사체를 분석한다. 세포 하나하나를 떼어내는 것은 기술적으로 굉장히 어렵기 때문에 세포 2개가 1개로 인식되는 경우가 있다. Scanpy는 doublet(세포2개) cell을 구별해내는 매서드 sc.pp.scrublet() 를 제공한다. (reference : graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells)  scanpy 개발자들이 제공하는 툴들은 다 reference ..

메타데이터를 만들었으면 이제 cell QC를 진행한다. 이 단계는 여러가지 지표를 이용해 정상범위 밖에 있는 세포(이상치)를 판단하고 제거하여 데이터 품질을 올리는 단계이다. 세포의 품질을 판단하기 위해 Scater: pre-processing, quality control, normalization and visualization of single-cell RNA-seq data in R (reference) 를 참고한다. 레퍼런스에서는 mito, ribo, hb 유전자를 참고하여 cell quaility를 판단한다. 다양한 cell QC 방법이 reference가 있을테니 여러가지로 테스트 해보도록 하자.. 미토콘드리아 유전자 (mt) : 세포가 손상되면 mt 유전자 발현이 비정상적으로 증가할 수 있..

Jupyter Lab 작동 원리 Jupyter Lab은 클라이언트-서버 구조로 작동하며, Jupyter Lab 서버가 백그라운드에서 실행되어 웹 브라우저를 통해 접근할 수 있는 웹 애플리케이션 환경을 제공합니다. 여기서 서버 역할을 하는 Jupyter Lab Server가 핵심인데요, 간단히 작동 원리를 설명하자면 다음과 같습니다:1. Jupyter Lab 서버 실행'jupyter lab' 명령어를 입력하면, 로컬에서 서버가 시작됩니다. 이 서버는 기본적으로 특정 포트 (예: `8888`)를 열고 사용자의 요청을 처리할 준비를 합니다. 이 서버는 사용자의 코드를 실행하고 결과를 반환하는 역할을 하며, 웹 애플리케이션 형태로 인터페이스를 제공하는 역할도 수행합니다. 2. 웹 브라우저에서 접속Jupyter ..

WSL, Windows Shell 로 워크스테이션 접속의 차이점을 GPT한테 물어봤을 때WSL: WSL(Windows Subsystem for Linux)은 윈도우 내에서 리눅스 커널과 유사한 환경을 제공합니다. 리눅스 명령어 및 파일 시스템을 윈도우 상에서 사용할 수 있어서 리눅스 개발 환경을 더 쉽게 구성할 수 있지만, 실제 리눅스 커널이 아닌 가상화된 환경이므로 일부 하드웨어 접근이나 저수준 작업에서 제약이 있을 수 있습니다.Windows Shell (PuTTY, SSH): Windows의 명령 프롬프트나 PowerShell, 혹은 PuTTY 같은 SSH 클라이언트를 이용하여 리눅스 워크스테이션에 접속할 경우, 실제 원격 리눅스 서버에 직접 연결됩니다. 이 방식은 네트워크를 통해 리눅스 환경에 접근..

노션 데스크톱을 쓰는데 커서가 표시한 영역으로 들어가면 하얀색으로 변해서 마우스 위치를 확인할 수 없었다. 앱이 문제인가 싶어서 삭제하고 다시 깔아 보았으나 그대로였고, Web으로 열었을때는 정상적으로 작동했다. 이것저것 찾아보다가 한가지 해결책을 찾았는데 제어판 > 마우스 포인터 마우스 포인터 스타일을 바꿔주면 해결된다. 근본적인 해결책은 아니지만 일단 이렇게 쓰면서 노션앱 업데이트를 기다려보자.

# Core scverse librariesimport scanpy as scimport anndata as ad# Data retrievalimport pooch AnnData single cell rna 데이터를 체계적으로 저장하기 위한 구조로, 유전자 발현 행렬을 X라는 속성에 저장하고, 유전자 ID와 세포 바코드 정보를 var(변수)와 obs(관측값)에 각각 저장한다. obs (Observations):obs는 세포에 대한 메타데이터를 (실험 조건, 세포의 특성, 클러스터링 결과 등) 저장하는 곳입니다. 데이터프레임 형태를 가지며, 각 행이 하나의 세포를 나타냅니다.예를 들어, 각 세포에 대해 클러스터 레이블, 샘플 조건, 배치 정보 등 다양한 정보를 이곳에 저장할 수 있습니다.var (Varia..