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Scanpy tutorials - data integration, injest 코드 개념 설명

생물학 논문의 기본은 실험군과 대조군을 비교하는 것이다. 예를들면 카페인을 많이 마시면 머리가 나빠진다고 주장하고싶으면 커피를 매일 마신 그룹과 물을 매일 마신 그룹을 비교하면 된다. scRNAseq도 마찬가지이다. scRNAseq은 대조군 만으로도 도출해낼 수 있는 정보가 많지만, 실험군과 비교하였을때 얻어낼 수 있는 정보의 양과 질을 극대화할 수 있다. Integration 이란, 비교하고 싶은 두 그룹을 하나의 벡터공간상에 투여하는 것을 말한다. 두 그룹은 같은 벡터공간에 존재하게되어 cell cluster를 직접 비교할 수 있고 그룹별 batch effect 보정을 하는 알고리즘,통계 기법의 발전으로 신뢰도를 더해가고 있다.import scanpy as scimport pandas as pdsc..
bioinformatics 2024. 12. 21. 22:05
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