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Scanpy tutorials - data integration, injest 코드 개념 설명

생물학 논문의 기본은 실험군과 대조군을 비교하는 것이다. 예를들면 카페인을 많이 마시면 머리가 나빠진다고 주장하고싶으면 커피를 매일 마신 그룹과 물을 매일 마신 그룹을 비교하면 된다. scRNAseq도 마찬가지이다. scRNAseq은 대조군 만으로도 도출해낼 수 있는 정보가 많지만, 실험군과 비교하였을때 얻어낼 수 있는 정보의 양과 질을 극대화할 수 있다. Integration 이란, 비교하고 싶은 두 그룹을 하나의 벡터공간상에 투여하는 것을 말한다. 두 그룹은 같은 벡터공간에 존재하게되어 cell cluster를 직접 비교할 수 있고 그룹별 batch effect 보정을 하는 알고리즘,통계 기법의 발전으로 신뢰도를 더해가고 있다.import scanpy as scimport pandas as pdsc..
bioinformatics 2024. 12. 21. 22:05
Scanpy tutorials - preprocessing and clustering ( Re-assess quality control and cell filtering ,Differentially-expressed Genes as Markers) tutorial 코드 설명

Re-assess quality control and cell filteringsc.pl.umap( adata, color=["leiden", "predicted_doublet", "doublet_score"], # increase horizontal space between panels wspace=0.5, size=3,)  sc.pl.umap() : UMAP 을 통해 차원 축소된 데이터를 시각화 한다.color=["leiden", "predicted_doublet", "doublet_score"] : 각각의 UMAP 플롯에서 색상을 지정하는 기준이다. 첫번째 그래프는 클러스터별로 색깔을 입힌 것이다. doublet score 를 보며 threshold 를 조절해볼 수 있고 ..
bioinformatics 2024. 11. 14. 10:58
Scanpy tutorials - preprocessing and clustering (anndata, pooch 개념설명)

# Core scverse librariesimport scanpy as scimport anndata as ad# Data retrievalimport pooch AnnData single cell rna 데이터를 체계적으로 저장하기 위한 구조로, 유전자 발현 행렬을 X라는 속성에 저장하고, 유전자 ID와 세포 바코드 정보를 var(변수)와 obs(관측값)에 각각 저장한다. obs (Observations):obs는 세포에 대한 메타데이터를 (실험 조건, 세포의 특성, 클러스터링 결과 등) 저장하는 곳입니다. 데이터프레임 형태를 가지며, 각 행이 하나의 세포를 나타냅니다.예를 들어, 각 세포에 대해 클러스터 레이블, 샘플 조건, 배치 정보 등 다양한 정보를 이곳에 저장할 수 있습니다.var (Varia..
bioinformatics 2024. 11. 7. 18:34
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