biotechknowledge

nature biotechnology에 실린 pair-cell sequencing을 이용한 liver endothelial heterogeneity 를 연구한 내용이다. single-cell RNA seq은 cell subtype 연구에 필수불가결한 아주 강력한 데이터이다. 하지만 cell 의 위치정보는 잃어버린다는 단점이 있다. 이 단점을 극복하기 위한 방법으로서 paried-cell 을 sequencing하는 방법을 제시하고 있고 biology 적인 내용보다 실험테크닉에 의미를 두고 있고 그래서 biotechnology에 실린 것 같다.   일반적인 scRNAseq flow이다. barcode 1개에 cell 1개를 붙여 droplet을 만들고 (한 방울) sequencing 한다. 이 논문에서는 이..

혼자서 scRNAseq 공부하고 figure를 만드려하니 어려움이 있다. 대충 어떤실험인지 알겠으나 어떻게 해야할지 쉽게 풀리지 않는다. tutorial 과 reference 최대한 다양하게 접하고 내가 갖고 있는 데이터에 적용시키려고 한다. nature 급 저널에서 소개하는 workflow를 읽어보고 부족했던 부분을 채워보려한다. 물론 이 논문한권으로 빈틈이 다 메꿔질거라 기대하지 않는다. IntroductionscRNAseq 은 크게 2가지 task로 진행한다. 1) generation of the expression matrix 2) analyses of the expression matrix. 1번은 cellranger, 2번은 scanpy로 분석하는 단계를 말하는 것 같다. 이 논문에서는 2단계..

매주 저널미팅을 하는데 내 차례는 3주에 한번씩 온다. 매번 읽은 논문을 journal review 카테고리로 만들어 정리하려 한다. 논문의 제목은 Single-Cell Transcriptomics Reveals Zone-Specific Alterations of Liver Sinusoidal Endothelial Cells in Cirrhosis 이고 cmgh 저널(IF=7.1) 에 실린 논문이다, 이 논문을 고른 이유는 내가 하는 연구와 직접적으로 관련이 있고 논문에서 사용하는 연구 방법론 자체가 똑같기 때문에 내가 무엇을 해야하는지, 어떻게 해야하는지 감을 잡을 수 있었다. 특히, scRNAseq 부분에서 새롭게 알게된 부분이 많았기에 다음논문도 scRNAseq technic 위주로 찾아 읽으려 한..