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biotechknowledge

노션 데스크톱을 쓰는데 커서가 표시한 영역으로 들어가면 하얀색으로 변해서 마우스 위치를 확인할 수 없었다. 앱이 문제인가 싶어서 삭제하고 다시 깔아 보았으나 그대로였고, Web으로 열었을때는 정상적으로 작동했다. 이것저것 찾아보다가 한가지 해결책을 찾았는데 제어판 > 마우스 포인터 마우스 포인터 스타일을 바꿔주면 해결된다. 근본적인 해결책은 아니지만 일단 이렇게 쓰면서 노션앱 업데이트를 기다려보자.
# Core scverse librariesimport scanpy as scimport anndata as ad# Data retrievalimport pooch AnnData single cell rna 데이터를 체계적으로 저장하기 위한 구조로, 유전자 발현 행렬을 X라는 속성에 저장하고, 유전자 ID와 세포 바코드 정보를 var(변수)와 obs(관측값)에 각각 저장한다. obs (Observations):obs는 세포에 대한 메타데이터를 (실험 조건, 세포의 특성, 클러스터링 결과 등) 저장하는 곳입니다. 데이터프레임 형태를 가지며, 각 행이 하나의 세포를 나타냅니다.예를 들어, 각 세포에 대해 클러스터 레이블, 샘플 조건, 배치 정보 등 다양한 정보를 이곳에 저장할 수 있습니다.var (Varia..

추석연휴가 끼어 있어서 머신러닝과 딥러닝을 미리 예습할 수 있었다. 내용이 점점 어려워지고 수업 내 설명만으로 이해하기 어려워졌기 때문에 적절할 때 연휴를 활용할 수 있게 됏다. 이번주는 배운 내용을 바탕으로 데이콘 머신러닝 대회문제를 해결해 보려고 노력했다. 데이터는 유전자 아미노산 돌연변이,위치정보이다. 바이오 배경지식이 있었기에 데이터를 이해하는데는 문제가 없었다. 다만 어떻게 전처리할지, 온라인에 공개된 DB를 활용하는게 대회의 관건이지 않나 싶다. 하루에 제출은 3번까지 가능하고 첫제출에 142등에 랭크됐다. 이번 대회는 50등안에 드는 걸로 목표로하고 팀원들과 성능을 최대로 올려보려 한다.
Q. DNA 이중가닥 중 어떤 가닥을 사용하며 각각의 단백질 결과물이 다를텐데 우리 몸은 어떤 가닥을 사용하는지?A. DNA에서 실제로 전사되는 가닥을 템플릿(Template Strand)라고 하며 이 가닥은 mRNA 합성하는 정보가 담겨 있다. 비템플릿 가닥(Non-Template Strand)는 Coding Strand 라고도 한다. 어떤 가닥이 사용되는 지는 고정되어 있다. 템플릿과 비템플릿 가닥은 유전자에 따라 다르다. 정확한 가닥 사용을 보장하기 위해 프로모터 영역과 전사인자 매커니즘을 이용하여 템플릿 가닥을 가려낸다. ORF(Open Reading Frame)Sequencing을 통하여 mRNA의 염기 서열을 추정한 후, 그 중에서 어디에서부터 어디까지가 단백질로 번역되는지 알아야 한다. 번역..
1. 문자 인코딩(Character Encoding)정의: 문자 인코딩은 텍스트 데이터를 컴퓨터가 이해하고 처리할 수 있는 이진수(바이너리) 형태로 변환하는 방법을 의미합니다. 문자 인코딩은 각 문자에 고유한 숫자 코드(코드 포인트)를 할당하고, 이를 바이트 시퀀스로 변환합니다.중요성: 문자 인코딩이 없으면 컴퓨터는 문자 데이터를 처리할 수 없으며, 잘못된 인코딩을 사용하면 글자가 깨지거나 의도한 대로 표시되지 않을 수 있습니다.2. UTF-8정의: UTF-8(8-bit Unicode Transformation Format)은 가변 길이 문자 인코딩 방식으로, Unicode 문자 집합을 인코딩하는 데 사용됩니다. UTF-8은 1바이트에서 4바이트 사이의 길이로 문자들을 인코딩할 수 있습니다.특징:ASCI..
로컬 Apache 서버와 웹 서버의 관계는 기본적으로 동일한 개념에서 출발합니다. 차이점은 로컬 서버는 사용자가 자신의 컴퓨터에서 실행하는 서버를 의미하고, 웹 서버는 인터넷 상에서 접근 가능한 서버를 의미한다는 점입니다. 아래에서 그 관계를 자세히 설명해 드리겠습니다.1. 웹 서버(Web Server)정의: 웹 서버는 클라이언트(일반적으로 웹 브라우저)로부터 HTTP 요청을 받아, 해당 요청에 맞는 웹 페이지나 리소스를 제공하는 서버입니다.역할: PHP, HTML, CSS, JavaScript 파일을 처리하고 그 결과를 클라이언트에게 반환합니다. 클라이언트는 이 데이터를 브라우저를 통해 화면에 표시합니다.위치: 웹 서버는 인터넷에 연결된 컴퓨터에서 운영되며, 도메인 이름 또는 IP 주소를 통해 전 세계..
1. Apache (아파치)개념: Apache는 웹 서버 소프트웨어입니다. 웹 서버는 클라이언트(예: 웹 브라우저)의 요청에 따라 웹 페이지를 제공하는 역할을 합니다. Apache는 인터넷에서 가장 널리 사용되는 웹 서버 중 하나로, HTTP 및 HTTPS 프로토콜을 통해 웹 페이지, 이미지, 비디오 등을 전달합니다.역할: 웹 브라우저가 웹 페이지를 요청하면, Apache는 해당 요청을 처리하고 필요한 파일을 클라이언트에게 전송합니다.관계: Apache는 서버 측에서 웹 페이지를 클라이언트에게 전달하는 역할을 하며, PHP 스크립트를 실행하는 환경을 제공합니다. PHP로 작성된 스크립트를 처리하기 위해 Apache는 PHP 모듈과 연동됩니다.2. MySQL (마이에스큐엘)개념: MySQL은 오픈 소스 관..
네트워크에 연결:네트워크란 여러 컴퓨터와 장치들이 서로 연결되어 데이터를 주고받을 수 있는 시스템을 말합니다. 네트워크는 크게 **로컬 네트워크(LAN)**와 **광역 네트워크(WAN)**로 구분됩니다.로컬 네트워크 (LAN): 제한된 지역(예: 가정, 사무실) 내에서 컴퓨터와 장치들을 연결한 네트워크입니다.광역 네트워크 (WAN): 더 넓은 지역을 아우르는 네트워크로, 인터넷이 가장 대표적인 WAN입니다.2. 인터넷에 직접 연결:인터넷은 전 세계의 네트워크들이 연결된 글로벌 네트워크입니다.인터넷에 직접 연결된다는 것은, 컴퓨터나 장치가 인터넷을 통해 외부와 직접 통신할 수 있다는 것을 의미합니다. 예를 들어, 웹사이트를 접속하거나, 원격 서버와 통신하는 등의 작업을 할 수 있습니다.3. 고유한 IP 주..