biotechknowledge

https://www.inflearn.com/course/%EC%84%A0%ED%98%95%EB%8C%80%EC%88%98%ED%95%99/dashboard 파이썬을 활용한 선형대수학 - NumPy와 SciPy의 활용 강의 | 조범희 (타블렛깎는노인) - 인프런조범희 (타블렛깎는노인) | 이 강좌에서는 파이썬의 SciPy 라이브러리를 활용하여 다양한 행렬계산 관련 문제들을 푸는 방법을 배웁니다.파이썬을 몰라도, 선대개 지식이 얕아도 주어진 문제를www.inflearn.com  np.copy()프로그래밍의 기초 개념이다. b=a 는 a와 b가 동일한 주소를 저장하는 것이고 같은 객체를 참조한다. a 가 가르키는 행렬객체를 그대로 복사해서 b 에 할당하고 싶으면 copy 매서드를 이용해서 b = np.cop..

생물학 논문의 기본은 실험군과 대조군을 비교하는 것이다. 예를들면 카페인을 많이 마시면 머리가 나빠진다고 주장하고싶으면 커피를 매일 마신 그룹과 물을 매일 마신 그룹을 비교하면 된다. scRNAseq도 마찬가지이다. scRNAseq은 대조군 만으로도 도출해낼 수 있는 정보가 많지만, 실험군과 비교하였을때 얻어낼 수 있는 정보의 양과 질을 극대화할 수 있다. Integration 이란, 비교하고 싶은 두 그룹을 하나의 벡터공간상에 투여하는 것을 말한다. 두 그룹은 같은 벡터공간에 존재하게되어 cell cluster를 직접 비교할 수 있고 그룹별 batch effect 보정을 하는 알고리즘,통계 기법의 발전으로 신뢰도를 더해가고 있다.import scanpy as scimport pandas as pdsc..

행렬 및 벡터 표현과 입출력 방법넘파이의 데이터타입은 실수를 표시하기 위한 float64 와 복소수를 표기할 수 있는 complex128 이 있다. np.array를 생성할 때, 명시적으로 지정하지 않으면 파이썬 에서 알아서 지정해주고, 데이터타입이 다른 array 의 곱이나 합을 하는 경우에도 지정된 룰에 따라서 dtype이 정해지게 되어있다. 예를들어, float64 인  와 complex인 array를 더한 새로운 array의 데이터타입은 complex가 된다. 모든 엔트리는 같은 dtype을 지녔다. 명시적으로 dtype을 써주는 습관을 갖는 것이 좋다. 행렬 및 벡터 모양 확인 메서드 : shapearray 의 데이터 타입 변환 메서드 : astype  a = [ [1-1j,2+1j,1,-..

nature biotechnology에 실린 pair-cell sequencing을 이용한 liver endothelial heterogeneity 를 연구한 내용이다. single-cell RNA seq은 cell subtype 연구에 필수불가결한 아주 강력한 데이터이다. 하지만 cell 의 위치정보는 잃어버린다는 단점이 있다. 이 단점을 극복하기 위한 방법으로서 paried-cell 을 sequencing하는 방법을 제시하고 있고 biology 적인 내용보다 실험테크닉에 의미를 두고 있고 그래서 biotechnology에 실린 것 같다.   일반적인 scRNAseq flow이다. barcode 1개에 cell 1개를 붙여 droplet을 만들고 (한 방울) sequencing 한다. 이 논문에서는 이..

토요일밤이다. 오늘은 논문읽는 속도가 좀 떨어진다. 항상 비슷한 패턴인데 평일날 열심히 공부하고, 실험하고 토요일은 반 정도 힘빼고 하는 것같다. 다음주 월요일에 저널미팅 발표가 있어서 내일은 PPT 준비해야 한다. 더 집중도 안되고해서 이번주 기록 남기고 자야겠다. Trouble shooting + etc ..  이건 약간 기믹인데 보통은 cell cluster를 UMAP1,2로 2차원으로 그리지만 UMAP3까지 3차원으로 그려봤다. 입체적으로 cell cluster 간의 거리를 더 직관적으로 파악할 수 있다.  nature 논문에서 3차원 UMAP 을 보고 따라서 해본건데, 봤던 그림에선 cluster가 깔끔하게 나눠서 겹치는게 없었다. 내가 그린건 암 오가노이드처럼 생겼다.ㅋㅋ  plotly로 그렸..

https://lms.kmooc.kr/course/view.php?id=13669 K-MOOC www.kmooc.krK-mooc 강좌 R을 활용한 통계학 개론을 정리한 내용입니다. 1. 확률의 정의확률은 미래의 불확실한 사건에 대해 자료를 근거로 객관적이고 합리적으로 발생 가능성을 제시하는 통계학의 주요 역할 중 하나입니다.통계적 실험 결과를 바탕으로 사건의 가능성을 수치화하여 예측합니다.2. 확률과 통계적 실험통계적 실험:실행 전에는 결과를 알 수 없는 행위.예: 동전 던지기, 주사위 굴리기, 약물 실험.표본공간 (Sample Space, S):실험에서 나타날 수 있는 모든 결과의 집합.예: 주사위를 던졌을 때, 표본공간은 {1, 2, 3, 4, 5, 6}.단순사건 (Elementary Event):표..

대학원생활 1달차 느낀점을 정리해보고자 한다. 피곤하고 일요일저녁이라 쓰기 굉장히 귀찮아서 대충 생각나는대로 휘갈길 예정이니 감안해주세요. 1. 양질의 세미나서울대학교에와서 좋은 점 중 하나는 질 좋은 세미나를 매주 들을 수 있다는 것이다. 아직 학생등록이 안되어서 받지 못한 세미나 메일이 많아서 다 듣지 못하는게 아쉽다. 바이오뿐만 아니라 인문학,음악 등 다양한 분야의 세미나가 열리고 무료로 들을 수 있다. 이번주에는 2024 노벨화학상 알파폴드 연구실에서 연구하셨던 교수님이 오셔서 강의 해주시고 갔다. 저번 주에는 cancer genomics 강의를 들었는데 너무 재밌게 감동적으로 들었다. 이런 강의의 특징은 오랜 경험을 지닌 해본사람만 아는 노하우를 전달 받을 수 있다는 것이다. 검색해도 나오지않는..

혼자서 scRNAseq 공부하고 figure를 만드려하니 어려움이 있다. 대충 어떤실험인지 알겠으나 어떻게 해야할지 쉽게 풀리지 않는다. tutorial 과 reference 최대한 다양하게 접하고 내가 갖고 있는 데이터에 적용시키려고 한다. nature 급 저널에서 소개하는 workflow를 읽어보고 부족했던 부분을 채워보려한다. 물론 이 논문한권으로 빈틈이 다 메꿔질거라 기대하지 않는다. IntroductionscRNAseq 은 크게 2가지 task로 진행한다. 1) generation of the expression matrix 2) analyses of the expression matrix. 1번은 cellranger, 2번은 scanpy로 분석하는 단계를 말하는 것 같다. 이 논문에서는 2단계..