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1. 이항분포(Binomial Distribution) 이항분포는 고정된 시행 횟수 동안 특정 사건이 발생하는 횟수를 나타내는 이산 확률분포입니다.이항분포의 n 과 k 에 따른 그래프 모양 변화, y 값은 그 값이 나올 확률을 의미한다.1.1 정의시행: 동일한 조건에서 여러 번 반복되는 실험(예: 동전 던지기).결과: 두 가지 가능성(성공 또는 실패)이 존재.성공 확률: 각 시행에서 성공할 확률은 일정하며 ppp로 표시.시행 횟수: n1.2 예시동전을 10번 던질 때 앞면이 6번 나올 확률.공장에서 불량률이 5%5\%5%일 때, 20개 제품 중 불량품이 2개일 확률.시행 횟수 n가 매우 크고, 성공 확률 p이 매우 작을 때 np -> m 이 되면 이항분포가 포아송 분포로 근사 가능하다. 예를들어, np=..

https://lms.kmooc.kr/course/view.php?id=13669 K-MOOC www.kmooc.krK-mooc 강좌 R을 활용한 통계학 개론을 정리한 내용입니다.  1. 확률변수(Random Variable)정의: 표본공간에서 정의된 함수.표본공간 S의 각 원소(단위사건)에 실수 값을 부여하는 함수.수학적 표현으로는 X:S→R, 즉 X가 표본공간에서 실수 공간으로 매핑되는 함수.흔히 X,Y,Z로 표현.줄여서 r.v 라고도 부름.확률변수가 특정 값을 가질 확률을 체계적으로 정리한 것.2. 확률변수의 종류이산 확률변수(Discrete Random Variable)확률변수 X가 취할 수 있는 값이:유한개 (finite) 또는자연수와 일대일 대응되는 무한개 (countable infinite)..

https://www.inflearn.com/course/%EC%84%A0%ED%98%95%EB%8C%80%EC%88%98%ED%95%99/dashboard 파이썬을 활용한 선형대수학 - NumPy와 SciPy의 활용 강의 | 조범희 (타블렛깎는노인) - 인프런조범희 (타블렛깎는노인) | 이 강좌에서는 파이썬의 SciPy 라이브러리를 활용하여 다양한 행렬계산 관련 문제들을 푸는 방법을 배웁니다.파이썬을 몰라도, 선대개 지식이 얕아도 주어진 문제를www.inflearn.com  지금까지 배운 문법을 종합하면 원하는 행렬을 코딩할 수 있다.b1 = (-1) * np.ones((4,))b2 = 2 * np.ones((5,))b3 = np.ones((4,))A = np.diag(b1, k=-1) + np.dia..

https://www.inflearn.com/course/%EC%84%A0%ED%98%95%EB%8C%80%EC%88%98%ED%95%99/dashboard 파이썬을 활용한 선형대수학 - NumPy와 SciPy의 활용 강의 | 조범희 (타블렛깎는노인) - 인프런조범희 (타블렛깎는노인) | 이 강좌에서는 파이썬의 SciPy 라이브러리를 활용하여 다양한 행렬계산 관련 문제들을 푸는 방법을 배웁니다.파이썬을 몰라도, 선대개 지식이 얕아도 주어진 문제를www.inflearn.com  np.hstack() / np.vstack()1D array 의 stack의 경우 hstack과 vstack 의 결과가 다르다. 매개변수를  tuple 형태로 받는다. 1D,2D vector가 혼합되어 있는겨우는 vstack만 가능..

https://www.inflearn.com/course/%EC%84%A0%ED%98%95%EB%8C%80%EC%88%98%ED%95%99/dashboard 파이썬을 활용한 선형대수학 - NumPy와 SciPy의 활용 강의 | 조범희 (타블렛깎는노인) - 인프런조범희 (타블렛깎는노인) | 이 강좌에서는 파이썬의 SciPy 라이브러리를 활용하여 다양한 행렬계산 관련 문제들을 푸는 방법을 배웁니다.파이썬을 몰라도, 선대개 지식이 얕아도 주어진 문제를www.inflearn.com  np.copy()프로그래밍의 기초 개념이다. b=a 는 a와 b가 동일한 주소를 저장하는 것이고 같은 객체를 참조한다. a 가 가르키는 행렬객체를 그대로 복사해서 b 에 할당하고 싶으면 copy 매서드를 이용해서 b = np.cop..

생물학 논문의 기본은 실험군과 대조군을 비교하는 것이다. 예를들면 카페인을 많이 마시면 머리가 나빠진다고 주장하고싶으면 커피를 매일 마신 그룹과 물을 매일 마신 그룹을 비교하면 된다. scRNAseq도 마찬가지이다. scRNAseq은 대조군 만으로도 도출해낼 수 있는 정보가 많지만, 실험군과 비교하였을때 얻어낼 수 있는 정보의 양과 질을 극대화할 수 있다. Integration 이란, 비교하고 싶은 두 그룹을 하나의 벡터공간상에 투여하는 것을 말한다. 두 그룹은 같은 벡터공간에 존재하게되어 cell cluster를 직접 비교할 수 있고 그룹별 batch effect 보정을 하는 알고리즘,통계 기법의 발전으로 신뢰도를 더해가고 있다.import scanpy as scimport pandas as pdsc..

행렬 및 벡터 표현과 입출력 방법넘파이의 데이터타입은 실수를 표시하기 위한 float64 와 복소수를 표기할 수 있는 complex128 이 있다. np.array를 생성할 때, 명시적으로 지정하지 않으면 파이썬 에서 알아서 지정해주고, 데이터타입이 다른 array 의 곱이나 합을 하는 경우에도 지정된 룰에 따라서 dtype이 정해지게 되어있다. 예를들어, float64 인  와 complex인 array를 더한 새로운 array의 데이터타입은 complex가 된다. 모든 엔트리는 같은 dtype을 지녔다. 명시적으로 dtype을 써주는 습관을 갖는 것이 좋다. 행렬 및 벡터 모양 확인 메서드 : shapearray 의 데이터 타입 변환 메서드 : astype  a = [ [1-1j,2+1j,1,-..

nature biotechnology에 실린 pair-cell sequencing을 이용한 liver endothelial heterogeneity 를 연구한 내용이다. single-cell RNA seq은 cell subtype 연구에 필수불가결한 아주 강력한 데이터이다. 하지만 cell 의 위치정보는 잃어버린다는 단점이 있다. 이 단점을 극복하기 위한 방법으로서 paried-cell 을 sequencing하는 방법을 제시하고 있고 biology 적인 내용보다 실험테크닉에 의미를 두고 있고 그래서 biotechnology에 실린 것 같다.   일반적인 scRNAseq flow이다. barcode 1개에 cell 1개를 붙여 droplet을 만들고 (한 방울) sequencing 한다. 이 논문에서는 이..