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[Journal review]Single-Cell Transcriptomics Reveals Zone-Specific Alterations of Liver Sinusoidal Endothelial Cells in Cirrhosis(scRNAseq, confocal image) 매주 저널미팅을 하는데 내 차례는 3주에 한번씩 온다. 매번 읽은 논문을 journal review 카테고리로 만들어 정리하려 한다. 논문의 제목은 Single-Cell Transcriptomics Reveals Zone-Specific Alterations of Liver Sinusoidal Endothelial Cells in Cirrhosis 이고 cmgh 저널(IF=7.1) 에 실린 논문이다, 이 논문을 고른 이유는 내가 하는 연구와 직접적으로 관련이 있고 논문에서 사용하는 연구 방법론 자체가 똑같기 때문에 내가 무엇을 해야하는지, 어떻게 해야하는지 감을 잡을 수 있었다. 특히, scRNAseq 부분에서 새롭게 알게된 부분이 많았기에 다음논문도 scRNAseq technic 위주로 찾아 읽으려 한..
[R을 활용한 통계한 개론]통계학이란 무엇인가? 통계학은 현대 사회에서 필수적인 학문으로 자리 잡고 있으며, 다양한 분야에서 활용되고 있습니다. 이 강의에서는 통계학의 기초 개념부터 현대적 활용까지 폭넓게 다루었습니다. 아래는 주요 내용을 정리한 요약입니다.1. 통계학의 정의와 어원통계학은 영어 ‘Statistics’에서 유래했으며, 이는 라틴어 ‘Status’(국가)를 기반으로 발전했습니다.어원적으로 "자료를 통합하여 계산하는 학문"이며, 국가 경영과 통치에 필요한 학문으로 시작되었습니다.2. 통계학의 역사와 발전과거에는 경제 관련 자료(농산물 생산량, 교역량, 실업률, 세금 등) 분석에 초점이 맞춰져 있었고, 주로 상과대학에서 다뤘습니다.현재는 수학적, 과학적 체계를 갖춘 학문으로 발전했으며, 의학, 생물학, 공학, 사회과학 등 다양한 분야에서 활..
유전자 편집 기술 Cre-loxP ststem 개념과 작동원리 Mouse Cre-LoxP system: general principles to determine tissue-specific roles of target genes https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30671100/loxP system is widely used as an integral experimental tool for" data-og-title="Mouse Cre-LoxP system: general principles to determine tissue-specific roles of target genes - PubMed" data-og-type="website" data-ke-align="alignCenter" data-ke-type="opengraph"> Mous..
Scanpy tutorials - preprocessing and clustering ( Re-assess quality control and cell filtering ,Differentially-expressed Genes as Markers) tutorial 코드 설명 Re-assess quality control and cell filteringsc.pl.umap( adata, color=["leiden", "predicted_doublet", "doublet_score"], # increase horizontal space between panels wspace=0.5, size=3,)  sc.pl.umap() : UMAP 을 통해 차원 축소된 데이터를 시각화 한다.color=["leiden", "predicted_doublet", "doublet_score"] : 각각의 UMAP 플롯에서 색상을 지정하는 기준이다. 첫번째 그래프는 클러스터별로 색깔을 입힌 것이다. doublet score 를 보며 threshold 를 조절해볼 수 있고 ..
Scanpy tutorials - preprocessing and clustering ( Dimensionality Reduction,visualization, clustering ) tutorial 코드 설명 https://jstar0525.tistory.com/14 [VScode] VScode로 SSH를 통해 원격서버 접속하기VScode로 SSH를 통해 원격서버 접속하기 이번에는 visual studio code로 SSH를 통해 원격서버에 접속하여 remote 방법을 알아보겠습니다. 0. VScode 설치 https://code.visualstudio.com/download Download Visual Studio Code - Majstar0525.tistory.com위에 글을 참고해서 wsl, ubuntu 로 ssh 접속이 아닌, window vscode 에서 linux workstation 에 접속할 수 있게 되었다. 사실 첫날부터 시도했던 작업인데 리눅스, ssh 에대한 개념과 방식을 몰라서 헤매다가 ..
Scanpy tutorials - preprocessing and clustering ( Doublet detection,Nomalization ) tutorial 코드 설명 Doublet detectionsc.pp.scrublet(adata, batch_key="sample") Single cell rna sequencing은 세포 하나하나의 RNA 전사체를 분석한다. 세포 하나하나를 떼어내는 것은 기술적으로 굉장히 어렵기 때문에 세포 2개가 1개로 인식되는 경우가 있다. Scanpy는 doublet(세포2개) cell을 구별해내는 매서드 sc.pp.scrublet() 를 제공한다. (reference : graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells)  scanpy 개발자들이 제공하는 툴들은 다 reference ..
Scanpy tutorials - preprocessing and clustering ( Quality Control 개념설명) 메타데이터를 만들었으면 이제 cell QC를 진행한다. 이 단계는 여러가지 지표를 이용해 정상범위 밖에 있는 세포(이상치)를 판단하고 제거하여 데이터 품질을 올리는 단계이다. 세포의 품질을 판단하기 위해 Scater: pre-processing, quality control, normalization and visualization of single-cell RNA-seq data in R (reference) 를 참고한다. 레퍼런스에서는 mito, ribo, hb 유전자를 참고하여 cell quaility를 판단한다. 다양한 cell QC 방법이 reference가 있을테니 여러가지로 테스트 해보도록 하자.. 미토콘드리아 유전자 (mt) : 세포가 손상되면 mt 유전자 발현이 비정상적으로 증가할 수 있..
Window PowerShell 로 워크스테이션 접속하면 jupyter lab 안 열리는 이유와 해결법 Jupyter Lab 작동 원리 Jupyter Lab은 클라이언트-서버 구조로 작동하며, Jupyter Lab 서버가 백그라운드에서 실행되어 웹 브라우저를 통해 접근할 수 있는 웹 애플리케이션 환경을 제공합니다. 여기서 서버 역할을 하는 Jupyter Lab Server가 핵심인데요, 간단히 작동 원리를 설명하자면 다음과 같습니다:1. Jupyter Lab 서버 실행'jupyter lab' 명령어를 입력하면, 로컬에서 서버가 시작됩니다. 이 서버는 기본적으로 특정 포트 (예: `8888`)를 열고 사용자의 요청을 처리할 준비를 합니다. 이 서버는 사용자의 코드를 실행하고 결과를 반환하는 역할을 하며, 웹 애플리케이션 형태로 인터페이스를 제공하는 역할도 수행합니다. 2. 웹 브라우저에서 접속Jupyter ..

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